Vakıflar Genel Müdürlüğünce 2,5 yıl önce külliye genelinde başlanan kapsamlı restorasyon çalışmalarında caminin kubbesine el atılacağı sırada arşivlerden çıkan 1952 yılında çekilmiş fotoğraflarda görülen nadide süslemelerin tekrardan tarihi ibadethanenin kubbesini şekillendirmesi için proje süresi uzatıldı. 1481-1486 yılları arasında Amasya Valisi Şehzade Ahmet tarafından babası Sultan II. Bayezid adına yaptırılan şehrin en büyük ibadethanesindeki çalışmayla yaklaşık 400 yıllık nadide süslemeler aralarında kadın nakkaşların da olduğu ustaların elinde yeniden hayat buldu.

Hummalı çalışmalar sonucu restorasyon tamamlandı. Tadilatın arşivden çıkan fotoğraflar doğrultusunda ilerlediğini ve aynı süslemelerin yeniden hayat bulduğunu belirten Amasya Müftüsü Abdulkadir Keşvelioğlu, 'Süslemeler, döneminin süslemelerinin, tezinatın hangi seviyelerde olduğunun bir göstergesidir. Bu nedenle orijinal hallerinin yaşaması bu camiyi inşa eden, yapan insanların da muradıdır' dedi. 
Tarihi cami Pazartesi günü Kültür ve Turizm Bakanı Mehmet Nuri Ersoy’un da katılması beklenen programla yeniden ibadete açılacak.