Asıl adı Aya Theodosia (hagias theodosias) olan, İstanbul Ayakapı daki camiye çevrilmiş Bizans kilisesidir. Mutlaka görülesi bir yerdir. Enfes bir mimarisi vardır. Gül Camii, eski ismi, Aya (Hagia) Theodosia Kilisesi`dir. Kilisenin yapım tarihi kesin olarak bilinmemekle birlikte, 9. yüzyılda, İmparator I. Basileios döneminde (867-886) yapıldığı veya daha eski bir yapının yenilenmesi ile kurulduğunun yanında da Kadınlar Manastırı bulunduğu ileri sürülmüştür. Hatta Basileios ailesinden bazı kişilerin mezarlarının da bu kilisede olduğu aynı iddialar arasındadır.

Ayasofya önündeki Khalke Kapısı girişi üstündeki İsa ikonasının indirilişini engellemeye çalışan Theodoisia adlı kadın, bu hareketi dolayısıyla öldürülmüştü. Daha sonra azize olarak ilan edilip, kutsal kabul edilen ceset kalıntıları bu kiliseye konmuştur. Latin işgalinde (1204-1261) büyük tahribata uğrayan kilise, işgalden sonra büyük ölçüde onarım görmüştür. İlk ismi olan Hagia Evphemia isminin kutsal bir hatırası olmayışından dolayı Hagia Theodosia olarak değiştirilmiştir. Kilisenin kutsallığı halk arasında büyük ilgi görmüştür. Hatta 1306 yılında burayı ziyaret eden bir dilsizin dilinin açıldığı haberi buraya olan ilgiyi son derece arttırmıştır. 14. ve 15. asırlarda Bizans`tan geçen Rus hacıları bu kiliseyi ziyaret ederlerdi. Gül Camii 1489 tarihini taşıyan vakfiyesi mevcuttur. Bu vakfiyeye göre Sultan II. Beyazıt döneminde (1481-1512) camiye çevrildiği anlaşılmaktadır. Buna rağmen yapının I. Selim zamanında tadil edildiği zikredilmektedir. Başka bir iddia ise, II. Selim döneminde (1566-1574) Hasan Paşa tarafından camiye çevrildiği yönündedir. Diğer bir iddiaya göre ise, kilise III. Selim zamanında (1789-1807) çevrilmiştir.

Gül Camii isminin Gül Camii olmasının menşeinde de çeşitli iddialar vardır. Efsaneye göre Osmanlı`nın İstanbul`a girişinden bir gün önce yani 28 Mayıs azize Theodosia`nın yortu günüymüş. Onun için yapılan ayine gelen herkes gül bırakmış ve Osmanlıların şehre girmemesi için dua etmişler ama ertesi gün şehir düşmüş. Kiliseye giren Osmanlı askerleri her yana yayılmış gülleri görünce buraya gül camii demişler. Diğer iddia, mihrabın sağ tarafındaki payenin içinde, Hazret-i İsa`nın sahabelerinden biri, halk arasındaki inanışa göre de burada Gül Baba adında bir evliya yatmaktadır. İsim de bu evliyadan kaynaklanmaktadır. Bir diğer bir iddia, cami haline getirilince, gül suyu ile temizlenmesindir. Başka bir iddia ise, IV. Murat zamanında, cami tamir edilince kubbe ve çevresinin güle benzemesinden dolayı Gül Camii adını almıştır.

1633 yılındaki Cibali yangınında cami büyük zarar görmüş, II. Mahmut döneminde onarılmış, camideki hünkâr mahfili de bu onarım sırasında yaptırılmıştır. 1509 depreminde, kubbesi ve bütün üst yapısı çöktüğünden onarımda binanın üstü ahşap bir çatı ile örtülmüştür. Daha sonra da bugünkü klasik Türk üslû bundaki kubbe, yan cephelerle ve ana kemerler yapılmıştır.

Tuğla tonozlu bir bodrum üzerinde, aynı ölçülerde oldukça yüksek olan bina, kapalı haçplanı tipindedir. Kilise narteks`inden sadece bir kısmı kuzey yanda kalmıştır. Narteks`in yerine ahşap bir son cemaat yeri yapılmıştır. Ana mekân, dört kolu beşik tonozlarla örtülü bir haçbiçimindedir. Bu kollardan kuzey, güney ve batıda olanların içlerine galeriler yerleştirilmiştir. Binanın doğusunda üzerleri dışarıya taşkın üçapsisi vardır.

Türk döneminde, bu yapının mimarisinde önemli değişiklikler yapılmıştır. Camiye çevrilirken büyük ölçüde tamir görmüş, doğu cephesindeki tuğla süslemeler, 13. yüzyıl veya 15. yüzyıl arasında yenilendiğini göstermektedir. Yan cephelerdeki kademeli mahya hattı ile yine bu taraflardaki pencereler, içerideki büyük kemerler ve kubbesi 14. yüzyıl Türk sanatı hüviyetindedir. İki yan cepheye çok pencerelerin açıldığı basık sekizgen kasnaklı sağır kubbeler hep Türk eseridir. Minarenin şerefe çıkması barok profili biçiminde olup 1766 depreminden sonra yapılmıştır. Kanû nî Sultan Süleyman devrinde bir elçilik heyetiyle İstanbul`a gelen ve 1559`da Galata surlarından şehrin, aslı şimdi Hollanda`da Leiden`de bulunan büyük bir resmini çizen Flensburglu Alman Melchior Lorichs (Lorck), Gül Camii yerinde üstü ahşap çatılı, minareli bir cami işaretlemiştir.

W. Müller-Wiener, Gül Camii`nin IV. Murad zamanında tamir edildiğini bildirirse de bu hususta kaynak göstermediğinden bu bilginin doğruluk derecesini kontrol etmek mümkün değildir. Ancak Osmanlı dönemi boyunca Haliçkıyılarından başlayarak güneye doğru yayılan yangınlardan zarar gördüğü tahmin edilebilir. Bu arada 1633 yılında Cibalikapısı dışından başlayarak üçgün süren büyük yangın Gül Camii`nde de tahribat yapmış olmalıdır. Cami II. Mahmud döneminde önemli bir tamir görmüştür. Hadî katü`l-cevâmiin metnini tamamlayan Ali Satı Efendi camideki Hünkâr mahfilinin bu padişah tarafından yaptırıldığını bildirir.

Semavi Eyice bu camiyi şöyle anlatır bize: Gül Camii yakın tarihlerde bir tamir görmüş ve dış duvarları evvelce sıvalı ve badanalı iken raspa edilerek duvar örgüleri açığa çıkarılmıştır. Bu eski kilise, tuğla tonozlu ve üstündeki yapının ölçülerini aynen tekrarlayan bir bodrum üzerinde inşa edilmiştir. Esas bina 'kapalı haçplanlı' tiptedir. Narteks kısmı mevcut olmayıp sadece kuzey yan duvarı kalmıştır. Bunun yerine ahşap çatılı bir son cemaat yeri yapılmıştır. Ana mekân, dört kolu beşik tonozlarla örtülü bir haçbiçimindedir. Bu kollardan kuzey, güney ve batıda olanların içlerine ikişer pâye üzerine oturan galeriler yerleştirilmiştir. Dört masif pâye bu haçşeklini meydana getirir ve dört ana kemeri taşır. Kemerlerin sivri oluşu, bunların Türk devrinde eskilerinin yerinde ya tamamen veya kısmen yapıldığını belli eder. Binanın doğusunda, ortadaki daha geniş olmak üzere dışarıya taşkın üçapsisi vardır. Bunlardan bilhassa iki yanlarda olanlarında çok sayıda nişler ve bunların içlerinde tuğla bezemelerinin bulunuşu, binanın XIII. yüzyılın sonları veya XIV. yüzyılın başında gördüğü büyük tamir sırasında bu bölümlerin yeniden yapıldığına işaret eder.

Türk döneminde bu kilisenin dış mimarisinde önemli değişiklikler yapılmıştır. İki yan cephe çok pencereli olarak inşa edilmiş, bunların mahya hattı bazı Osmanlı eseri camilerde olduğu gibi kademeli olarak taçlandırılmıştır. Son derece basık, sekizgen kasnaklı sağır kubbeleri de Türk yapısıdır. Böylece eski kilisenin, Türk mimarisinin klasik döneminde gerek yan cepheleri gerek taşıyıcı büyük kemerleri ve ana kubbesinin yenilendiği açıkça belli olmaktadır.

Yüksek bir bodrum üzerine oturduğu gibi kendi başına esasen orantıları çok yüksek olan bu kilise, yüksek kasnaklı olması gereken kubbesiyle herhalde aslında daha da heybetli bir görünüm arz ediyordu. Caminin minaresi, şerefe çıkmasının barok profilli biçimiyle 1766 zelzelesinden sonra inşa edilen minarelerin bir benzeridir.

Mihrabın sağ tarafındaki pâyenin içinde bir yatır mezarı vardır. Ü zerindeki yazı bunun 'Hazret-i Î sâ`nın sahâbesinden havârinin kabri' (merkad-i havâriyyû n-ı ashâb-ı Î sâ aleyhisselâm) olduğunu bildirir. Halk arasındaki bir efsaneye göre de burada Gül Baba adında bir evliya yatmaktadır. İhsan Erzi Hadî katü`l-cevâmiin yazma bir nüshasında şu kayda rastlamıştır: 'Rivayet olunur ki, Hz. Î sâ`nın on iki havârisinden beşi Arabistan mahallinde ve yedisi dahi, ikisi bu caminin mihrap tarafında olan ayakları derununda, birisi sağ cânibinde olan ayakta, beş altı kadî me Fârisî ile ziyaret olunur'. XIX. yüzyılda ortaya çıkan bir halk rivayetinde son Bizans imparatoru XI. Konstantinos`un buraya gömüldüğü ileri sürülürse de bunun da sağlam bir esasa dayanmadığı bellidir. Camiye çevrilmiş başka hiçbir Bizans kilisesi için anlatılmayan bu rivayetlerin, burada evvelce varlığı bildirilen imparator sülâlesi mezarlarından kaynaklandığı bir ihtimal olarak düşünülebilir.

Gül Camii`nin içduvarlarında Bizans dönemine ait hiçbir süsleme yoktur. Bütün içyüzeyleri kaplayan sıva tabakası üstünde XIX. yüzyıldan kaldığı anlaşılan kalem işi nakışlar yer alır. Bunların arasında çok sayıda 'mühr-i Süleyman' görülür. Ayrıca sağdaki küçük apsisin içine de bir kû fî yazı işlenmiştir.