Fatih Sultan Mehmet'in 1456'da Cenevizlilere ait Enez'i fethetmesi sonrası 12. yüzyıl yapısına mihrap, minber ve kesme taştan minare yapılarak camiye dönüştürüldü. Osmanlı döneminde birkaç kez onarımdan geçirilen caminin bir kısmı 1965'teki depremde yıkıldı. Bu süreçte onarımı yapılmayan cami, bir müddet sonra büyük ölçüde zarar gördü bu nedenle ibadete kapatıldı. Restorasyonda neler yapıldı? Tarihi caminin restorasyonu amacıyla Vakıflar Genel Müdürlüğünce 2015 yılında ilk adım atıldı. Proje ve ihale aşaması sonrası 2016 yılında başlanan tarihi caminin vakfiyesine uygun şekilde restorasyonu Edirne Vakıflar Bölge Müdürlüğü koordinasyonunda tamamlandı. Restorasyon çalışmasında öncelikle çatı örtüsü, orta ve kuzey duvarları yıkık caminin etrafı temizlendi, daha sonra temeli enjeksiyon sistemiyle güçlendirildi. Kale duvarına doğru olan bölümlerde 27 santimetre kadar eğikliği söz konusu olan yapının bu durumu temelden başlayıp statiği ve taşıyıcı duvarları güçlendirildi.Yapılan statik hesaplamalar sonucu çatı örtüsünün bu eğiklik üzerine kurulabileceği hesaplandı, çatı da bu aşamada beden duvarlarının üzerine oturtuldu. Temel enjeksiyonlarından sonra sağlam beden duvarlarından başlamak üzere inşa çalışmalarına başlandı. Caminin tavanı ve kubbesi tamamen kapatıldı. Ayrıca caminin içerisindeki ısıtma ve soğutma sistemleri kuruldu, zeminin mermer döşemesi yapıldı.Caminin harim kısmında yerde bulunan ve numaralandırılarak çıkarılan özgün döşeme taşları da yerlerine döşendi. Geri kalan açık yerlerde de yeni mermerler kullanılarak döşeme yapıldı. Caminin çevresinde yıllar içerisinde oluşan toprak kotu da temizlendi. Camideki özgün mermer döşemenin altından ısıtma sistemi de yapıldı. 56 yıl sonra ilk ibadet cuma günü gerçekleşecek Edirne Vakıflar Bölge Müdürü Osman Güneren, AA muhabirine, 1965 yılından bu yana ibadet ve ziyarete kapalı caminin Diyanet İşleri Başkanı Ali Erbaş, Edirne Valisi Ekrem Canalp, Kültür ve Turizm Bakan Yardımcısı Ahmet Misbah Demircan, Vakıflar Genel Müdürü Burhan Ersoy ve davetlilerin katılımıyla açılacağını söyledi. Güneren, Enez Ayasofya Cami-i Şerifi'nin açılmasıyla ibadet ve ziyarete kapalı olan bir Ayasofya'nın daha cemaatiyle buluşacağını kaydetti.