İstanbul un fethinin yıldönümü nedeniyle yapılan bu yıl ki kutlama törenleri kapsamında Ayasofya da Fetih Suresi okunmasıyla, tekrar camii olarak açılması gündeme geldi.
Hıristiyanlık inancı tarafından da kutsal yapılardan biri olarak görülen Ayasofya nın Müslümanlar için ibadete açılacağına dair açıklamalar uluslararası alandan da bazı tepkilerin gelmesine neden oluyor.
360 yılında Bizans İmparatoru İkinci Konstantin tarafından açılışı yapılan kilisenin tahta çatısı, 404 yılında yandı. O tarihte ilk kez büyük bir tamirattan geçen kilise, şimdiki halini 532-537 yılları arasında, Bizans İmparatoru Birinci Justinyan ın emriyle yapılan inşaat çalışmaları sonrasında aldı.
Piskoposluğun merkezi olan ve Bizans İmparatorluğu nun büyük önem verdiği kilisenin inşaatından, Bizanslı mühendis Miletus İsidor ve matematikçi Tralles anthemius sorumluydu. İnşaatta 10 binden fazla işçi çalıştı.
Kilisenin inşaatı 5 yıl 10 ayda bitti ve Bizanslı tarihçiler tarafından o dönem dünyanın en büyük yapısı olduğu yazıldı. Kilisenin içindeki mozaiklerin tamamlanması ise 565-578 yılları arasında oldu.
1204 yılına kadar çeşitli depremler ve yangınlar atlattı, defalarca yeniden inşa edildi. 1204 yılında doğuya sefere giden Haçlıların eline geçen kilise, bu tarihten 1261 e kadar Roma Katolik Kilisesi ne çevrildi. 1261 de Bizanslıların İstanbul un hakimiyetini yeniden ele geçirmeleriyle birlikte Ayasofya yeniden Ortodoks Kilisesi olarak kullanılmaya başladı.
1402`de İstanbul`a gelen İspanyol elçisi Clavijo, Ayasofya`yı harap ve bakımsız bir halde görmüştür. Evliya Çelebi Seyahatnâme`sinin bir yazmasından öğrenilen, fakat başka kaynaklarda bulunmayan bilgiye göre, İstanbul`un fethinden birkaçyıl önce yine bir depremde zarar gören Ayasofya`nın kuzey tarafını tamir etmek üzere Ali Neccâr adındaki Türk mimarı Edirne`den İstanbul`a gönderilmiştir. Gerekli takviyeyi yapan mimar Edirne`ye dönüşünde müstakbel minarenin kaidesini de hazırladığını açıklamıştır.
Ayasofya İstanbul`un fethinde, usulden olduğu üzere şehrin büyük kilisesi olarak camiye çevrildi. Tursun Bey`in yazdığına göre kubbeye kadar çıkan Fâtih Sultan Mehmed, yapının ve çevresinin harap görüntüsü karşısında meşhur Farsça beyti söylemiştir. Fâtih Ayasofya`nın tahribini önlemiş, burada ilk namazı kıldıktan sonra camiyi kendi hayratının ilk eseri olarak vakfetmiş, yanına sonraları çok değişikliğe uğrayan bir de medrese yaptırmıştır. İlk minarenin de batıda yarım kubbenin yanındaki iki baskı kuleciklerinden güneydekinin üstünde ahşap olarak inşa edildiği anlaşılmaktadır. Bu minare uzun müddet durmuş, ancak 1574 tamirinde kaldırılmıştır. Caminin güneybatı köşesindeki tuğla minarenin Fâtih devrine ait olduğu söylenirse de bunun II. Bayezid zamanında yapılan minare olması ihtimali daha kuvvetlidir. II. Bayezid dönemine ait olduğu iddia edilen güneydoğu köşedeki yivli minareyi ise, Edirne`deki Selimiye Camii minarelerine çok yakın benzerliği dolayısıyla, Mimar Sinan`ın eseri olarak kabul etmek kanaatimizce yerinde olur. Kanû nî Süleyman devrinde Budin`in fethi üzerine oradaki başkiliseden alınan tunçşamdanlar, üzerine manzum birer kitâbe yazılarak 1526`da Ayasofya`da mihrabın iki yanına yerleştirilmiştir. II. Selim de Ayasofya`ya büyük ilgi göstermiş, Bizans devrinden beri narteks kısmında duvara yapıştırılmış olarak duran taşa işlenmiş levhalar halindeki uzun bir karar metnini de tercüme ettirmiştir. Bunlar daha sonra kaldırılarak Kanû nî Türbesi saçağında kullanılmıştır. Yine II. Selim zamanında Ayasofya`nın etrafı onu saran ve yapıya zarar veren evlerden kurtarılmış, ayrıca Mimar Sinan tarafından takviye payandaları yapılarak yapının çökmesi önlenmiştir. Bu vesileyle bir de minare yapılmıştır ki bunun güneydoğu köşedeki minare olması kuvvetle muhtemeldir. Şehrin en büyük ibadet yeri olarak Ayasofya`nın etrafında sultan türbelerinin yapımına da yine bu sırada başlanmış, ilk türbe II. Selim için Mimar Sinan tarafından inşa edilmiştir. III. Murad zamanında da kuzeydeki iki minare ile minber, kürsü ve mahfil ilâve edilmiş, Bergama`da bulunan İlkçağ`dan kalma yekpâre mermerden oyulmuş iki büyük küp getirtilerek caminin içine şadırvan yapılmıştır. Daha sonra yine Ayasofya`nın yanında Mimar Dâvud Ağa tarafından III. Murad için, XVII. yüzyıl başında da III. Mehmed için türbeler inşa edilmiş, ayrıca burada bir de şehzadeler türbesi yapıldığından bir hazî re teşekkül etmiştir. Türk devrinde Ayasofya`nın süslenmesine devamlı surette gayret edildiğinden 1607`de çini olarak mihrap duvarına besmele-i şerif yazılmıştır.
Türk devri içinde önceleri Ayasofya`nın mozaiklerinin bir kısmı görülmekteyken bunların üzerleri peyderpey örtülmüş ve XVIII. yüzyıl ortalarından itibaren hepsi ortadan kaybolmuştur. 1809`da II. Mahmud tarafından yaptırılan büyük bir tamirden kırk yıl sonra Ayasofya yine ciddi olarak elden geçirilme ihtiyacı göstermiştir. Şeyhülislâm Mekkî zâde Mustafa  sım Efendi`nin devlete kalan serveti, vasiyeti gereğince bu işe tahsis edilerek İsviçreli mimar G. Fossati tarafından 1847-1849 yılları arasında Sultan Abdülmecid`in emriyle geniş ölçüde bir tamire girişilmiştir. Bu arada padişahın camiye gelişinde istirahat etmesi ve bazı kabuller yapması için yeni bir kasr-ı hümâyun ile tamamen Bizans üslû bu taklidi bir hünkâr mahfili ve avlu kapısı yanına muvakkithâne yapılmış, avluyu çeviren duvar da yenilenmiştir. Aynı tamir sırasında duvar ve tonozlarda mevcut olan mozaiklerin hepsinin üzerleri açılarak bunların Fossati ile o sırada İstanbul`da bulunan Alman W. Salzenberg tarafından resimleri çizilmiştir. 1894 depreminde Ayasofya da zarar görmüş, duvarlarında bazı çatlaklar belirmiş, büyük mozaik satıhları sıva ile birlikte dökülmüştür. Meşrutiyet yıllarında Marangoni, Jackson, Propper, Prost gibi Batılı mimarlara durumu incelettirilen ve hatta mimar Kemâleddin Bey nezaretinde tamir için hazırlıklara girişilen Ayasofya, Cumhuriyet`in ilk yıllarında (1926) ufak bir tamir ve takviye görmüştür.
1923 te cumhuriyetin ilanından sonra cami olarak kullanılmaya devam etse de, Ayasofya 1931 de kapatıldı.
1931 de Amerika Bizans Enstitüsü nün kurucusu Amerikalı arkeolog Thomas Whittemore, Ayasofya daki mozaiklerin tekrar ortaya çıkarılması için Türkiye deki yeni yönetimden izin istedi.
Cumhurbaşkanı Mustafa Kemal Atatürk ün verdiği izin sonrası başlayan çalışmalar 15 yıl sürdü ve 1947 de tamamlandı.
Çalışmalara başladıktan bir süre sonra, halihazırda kapatılmış olan Ayasofya nın, 24 Kasım 1934 teki Bakanlar Kurulu kararıyla müze olarak yeniden açılmasına karar verildi.
Ayasofya Müzesi, 1 Şubat 1935 te müze olarak ziyaretçilere açıldı. 1996 da Dünya Anıtları İzleme listesine alınan Ayasofya nın kubbesi ve minareleri, Dünya Anıtları Fonu nun da desteğiyle 1997-2002 arasında restore edildi.
Müze aynı zamanda UNESO Dünya Mirası listesinde.
