İstanbul Büyükşehir Belediyesi, Ayasofya'dan sonra en eski ve büyük dini yapı olan Molla Zeyrek Camii'nin (Pantokrator Manastır Kilisesi) restorasyonunu tamamlamıştı. İBB Meclisi, Fatih Belediyesinin, 'Molla Zeyrek Cami ve çevresine ait cephe rehabilitasyonu ve Çevre Düzenleme Projeleri'ne ilişkin teklifi oybirliğiyle kabul etti. Bu proje ile caminin çevresinde yer alan 139 binanın dış cephesi yenilenecek. Dünya Miras Listesi'nde yer alan yaklaşık 890 yıllık tarihi yapı, restorasyon sonrası havadan çekilen görüntülerle kendine hayran bıraktı. Görüntülerde, caminin çevresindeki binaların onarım bekleyen hali de gözler önüne serildi. 139 binanın cephesinin yenilenmesini ve çevre düzenlemesini kapsayan proje; At Pazarı, At Pazarı-İbadethane, Fazilet, Fazilet Aralığı sokakları ile Fenerci Hüseyin Çıkmazı, Haydar ve Zeyrek Mehmet Paşa caddelerini kapsıyor. Önce medrese sonra cami Molla Zeyrek Camii ve çevresi, 1985 yılında Dünya Miras Listesi'ne alınan Tarihi Yarımada'daki 4 bölgeden birini oluşturuyor. Bizans İmparatoru II. İoannes Komnenos'un eşi ve Macar Kralı'nın kızı İrene tarafından yaptırılmaya başlanan ancak onun 1124'te ölümü üzerine imparator tarafından tamamlanan Pantokrator Manastır Kilisesi, bitişik 3 kiliseden oluşmaktaydı. Yapı, Fatih Sultan Mehmet'in İstanbul'u fethetmesinden sonra medrese haline getirildi. Molla Zeyrek Mehmet Efendi medresenin müderrisliğine getirildi. Fatih Medresesi yapılınca Zeyrek Medresesi kapatıldı, yapı cami olarak kaldı. 20. yüzyılın ilk çeyreğinden itibaren ilgi gösterilmeyen yapı hızla harap olmuş, 1953 ve 1966 yıllarında Vakıflar Genel Müdürlüğü bazı onarım çabaları göstermişse de daha çok güneydeki yapıya müdahale edilmiştir. 1990’larda başlayan son restorasyona da aynı bölümden başlanmış, fakat değişik sebeplerle tamamlanamamıştır. 2010 yılından bu yana yapı hazırlanan restorasyon projeleri doğrultusunda İstanbul Büyükşehir Belediyesi’nin maddi desteği ve bilim kurulunun katkılarıyla kapsamlı bir şekilde restore edilmektedir.