Antik şehir muhtemelen MÖ 8. yüzyılda kurulmuş, çeşitli doğal afetler yaşamış ve sonunda MS 8. yüzyılda tamamen Akdeniz'in suları altında kalmıştır. “Nil’in Venedik’i” olarak adlandırılan şehir, bir zamanlar ülkenin Akdeniz’e açılan kapısıydı. Günümüzün Ebu Kir Körfezi’nde bulunan şehir, eski Mısır’a mal getiren her geminin ilk durağı olarak kullanılıyordu.
Tarihçilerin çoğu, 1933 yılında Abu Qir üzerinde uçan bir RAF kaptanının denizde kalıntılar görmesine kadar, Thonis-Heracleion'un her ikisi de modern Mısır anakarasında bulunan iki farklı yerleşim yeri olduğunu düşünüyordu.
Denize gömülen kalıntılar, 1999 yılında Fransız su altı arkeoloğu Franck Goddio tarafından beş yıl süren bir aramanın ardından tespit edilerek incelendi.
Yaklaşık 2.700 yıl önce İskenderiye'nin 25 mil kuzeydoğusundaki bugünkü Abu Qir Körfezi'nin bulunduğu yerde kurulan Thonis-Heracleion, bölgenin en büyük alışveriş merkezi (ticaret limanı) olarak daha iyi bilinen komşusundan birkaç yüzyıl önce geçmişti ve bir uluslararası ticaret merkeziydi.
Kanallarla çaprazlanan ve hepsi bir kayık, köprü ve duba ağıyla birbirine bağlanan limanlar, rıhtımlar, tapınaklar ve kule evlerle dolu şehir, Akdeniz'den Mısır'a giren deniz ticaretinin çoğunu kontrol ediyordu. Mallar, ya Nil'in yaklaşık 50 mil yukarısındaki başka bir ticaret limanı olan Naukratis'e ya da yakındaki Canopus kasabasına bir su kanalıyla bağlanan Batı Gölü üzerinden daha iç bölgelere nakledilmeden önce gümrük idaresi merkezinde denetleniyor ve vergilendiriliyordu.
Thonis-Heracleion'un, Amun'un oğlu ve Yunanlılar tarafından Herakles olarak bilinen Khonsou'ya adanmış devasa bir tapınağı vardı. Amun ibadeti daha sonra giderek daha popüler hale geldi. Kentin zirveye ulaştığı MÖ 6. ve 4. yüzyıllarda, kentin kalbinde dönemin Mısırlıların yüce tanrısı Amun-Gereb'e adanan dev bir tapınak bulunuyordu.
Thonis-Herakleion ve Canopus, Herodot'tan Strabon'a ve Diodorus'a kadar antik çağın pek çok büyük tarihçisinin anlattığı bir şehirdi.
MÖ 2. yüzyılda İskenderiye, Mısır'ın ana limanı olarak Thonis'in (Herakleion) yerini aldı. Yunan tarihçi Herodot'a (M.Ö. 5. yüzyıl) göre, ünlü kahraman Herakles'in Mısır'a ilk ayak bastığı yerde muhteşem bir tapınak inşa edilmiştir. Ayrıca Helen'in Truva Savaşı öncesinde sevgilisi Paris'le Herakleion'a yaptığı yolculuktan da bahseder. Coğrafyacı Strabon, Herodot'un Mısır'a yaptığı yolculuğun üzerinden dört asırdan fazla süre geçtikten sonra, Herakles tapınağının bulunduğu Herakleion şehrinin, Nil'in Kanopi kolunun girişinde, Canopus'un hemen doğusunda yer aldığını kaydetti.
Thonis-Heracleion'un ihtişamı ve görkemi MÖ 2. yüzyıla gelindiğinde azalıyordu. Kıyı boyunca, yeni metropol İskenderiye hızla Mısır'ın en önde gelen limanı haline gelirken, Thonis-Heracleion'un üzerine inşa edildiği kara ve denizden oluşan karma temel daha az güvenli görünmeye başlıyordu. Şehir tek bir doğal afetle (deprem, tsunami, artan deniz seviyesi veya çökme) değil, bunların bir karışımıyla yok oldu.
Arkeo News’in haberine göre, kazılarda bulunan eşyalar şehrin güzelliğini ve ihtişamını, muazzam tapınaklarının ihtişamını ve tarihi kanıtların zenginliğini tasvir ediyor: devasa heykeller, yazıtlar ve mimari bileşenler, mücevherler ve madeni paralar, ritüel eşyalar ve seramikler, zamanda hapsolmuş bir medeniyet.
Kent buluntuları arasında en dikkat çeken eser hiç şüphesiz 5,4 metre yüksekliğindeki tanrı Hapy heykelidir.
Thonis-Heracleion'da su altı arkeolojik kazıları halen devam etmektedir. Franck Goddio'ya göre şehrin yalnızca yüzde 5'i ortaya çıkarıldı.
