Çin`de 618 yılında kurulan Tang Hanedanı bölgede hızlı bir yayılma göstermiştir. 620 ler ve 630 lardan başlayarak Göktürkler üzerinde baskısını arttıran Tang Çin`i 657`de Batı Göktürk Kağanlığı`nın yıkılmasına yol açmıştır. Bu dönemde Anxi genel valiliği ne 'huzurlu + batı şehir + koruma + merkez' bağlanmıştı. Ancak bu vilayet Tang Hanedanının sonuna kadar varlığını sürdürememiştir.
8. yüzyıldaki Anshi İsyanı döneminde, Tibet Tang Hanedanı nın bu bölgeden Yunnan`a kadar olan geniş bir bölümünü ele geçirmişti. Bundan sonra Doğu Türkistan`ın güneyi Tibet`in kontrolüne girerken, bölgenin kuzey kısımı Uygur Kağanlığı`nın hakimiyetine girdi.
9. yüzyılın ortalarında Tibet ve Uygur Kağanlığı zayıflamaya başladı. Çeşitli Türk boylarının oluşturduğu Karahanlılar 10. ve 11. yüzyıllarda Batı Xinjiang`ın kontrolünü ele geçirdi. Bu arada 840`da Uygur Kağanlığı nın Kırgızlar tarafından parçalanmasından sonra kimi Uygur boyları bugünkü Turfan ve Urumçi çevresine yerleşir. Burada kurulan Uygur devleti kimi zaman çeşitli devletlerin himayesine girse de 13. yüzyıla kadar Doğu Türkistan`ın doğusuna hükmetmiştir.
Kimi araştırmacılar Karahanlılar ve Uygurların arasındaki benzerliklere değinmektedir. Uygurlarda islam dinini seçerek doğuda yaşayan halkların dinlerine girmediler çünkü onların dinlerini seçerlerse kendi öz benliklerini yitireceklerini biliyorlardı. Kendisi gibi Türk olan bu Karahanlılara uymuşlardır.
1132`de Mançurya`daki Kitan`nın ardılları Kuzey Çin deki Jurchen lerin baskısından kaçarak bu bölgeye girmiştir. Burada Karahıtay Hanlığı`nı kurarak Tarım Havzasının büyük bölümünü 13. yüzyıla kadar hakimiyetleri altında tutmuşlardır.
Moğol Dönemi
Moğolistan`ın hakimiyeti altında birleştiren Cengiz Han batıya doğru ilerlemeye başladığında Uygur devleti 1209`da Moğollara ittifak teklif eder. Cengiz Han`a vergi ve asker vermeyi öneren Uygurlar, buna karşılık Turfan - Urumçi bölgesinin egemenliğini elinde tutmayı başarır. 1218 de Cengiz Han Kara Hıtay devletini yıkar. Kara Hıtay ın İslamiyete karşı baskıcı tutumları nedeniyle Cengiz Han Kaşgar bölgesinde bir kurtarıcı olarak karşılanır.
Cengiz Han`dan sonra Moğol İmparatorluğu oğulları arasında paylaşılır. Bu bölge ise Çağatay Hanlığı`nın payına düşmüştür. Ancak Moğolistan ve Çin deki Yuan Hanedanı diğer Moğol Hanlıkları burada hak iddia eder. 15. yüzyılda Çağatay Hanlığı parçalanır Gulca, Yarkand ve Turfan da hükû mdarlık kurulur.
17. yüzyılda Cungarlar (Oyratlar, Kalmıklar) bölgede bir İmparatorluk kurar. Bunlardan Kalmıklar egemenliklerini Çin Seddinden Don Nehrine, Himalayalar`dan Sibirya`ya kadar genişletir.
Mançu İmparatorluğu
Çin`de Mançular tarafından kurulan Qing Hanedanı 18. yüzyılın ortalarında bölgenin hakimiyetini Cungarlar`ın elinden alır. Qing Hanedanı Tarım Havzası ve Çungarya bölgesinde kendine bağlı küçük hanlıklar oluşturmak ister. Ancak 1758-1759 yıllarında çıkan isyanlar üzerine bu planını değiştirerek direk merkeze bağlı bir askeri yönetim kurar. İki bölge birleştirilerek Gulca`daki İli Generali nin yönetimine verilir.
Dungan İsyanı
19. yüzyılın ortalarında Rus Çarlığı Çin`in kuzey bölgelerine baskısını arttırır. Afyon Savaşı, Taiping İsyanı gibi karışıklıkların içinde bulunan Çin`in uçkarakollardaki etkinliği büyük ölçüde kısıtlanmıştır. 1864`te Doğu Türkistan`da Çinli Müslümanların (Hui/Dungan`lar) ve Uygurların başlattığı geniş çaplı isyanlar bölgede Çin egemenliğinin kalkmasına neden olur.
